西元2000年。在長野山中的九郎岳，正在進行某座神秘遺跡的挖掘工作。當調査團將遺跡中的一具棺木開啟時，突然遭到奇異生物的襲擊而全數死亡。而在為了查出調査團被殺案件的線索，正在遺跡現場調査中的長野縣刑警

《假面骑士Kuuga》完结后EPISODE1－2再编集版，对部分镜头重新整理，并增加TV版时没有的片段，同时配乐、配音和电脑特效的部分进行了新的制作，而且提升了画质。